Основная часть терапии НАЖБП не вызывает у пациентов побочных эффектов. При соблюдении лечебной диеты лечение протекает без осложнений. В случае лечения НАЖБП статинами и бигуанидами у пациентов могут возникать побочные эффекты от терапии. Статины могут вызывать ощущение боли в мышцах, слабость, пищевые расстройства и повышение уровня сахара в крови. Сахарпонижающие средства при неправильном подборе дозировки могут вызывать проблемы с желудочно-кишечным трактом (диарея, тошнота, метеоризм), а также, в крайне редких случаях, могут привести к молочнокислой коме (лактатацидоз). Любое назначение и подбор дозы препарата должен строго контролироваться лечащим врачом.