Относительно благоприятный, хотя усредненные данные сложно интерпретировать вследствие вариабельности естественного течения. У 3% наблюдается спонтанное улучшение. Прогрессирование воспаления и фиброза отмечается, по данным разных исследований, у 5-43%. Формирование цирроза с декомпенсацией функции печени констатируется в 2-10% случаев. 5-летняя выживаемость пациентов с НАЖБП составляет 67%, 10-летняя –59%, что заставляет принимать во внимание внепеченочные, преимущественно кардиальные, причины смерти (НАЖБП рассматривается в качестве независимого фактора риска сердечно-сосудистых заболеваний). 6,3% мужчин и 2,6% женщин с сахарным диабетом 2-го типа умирают от цирроза печени в исходе НАСГ. НАЖБП повышает вероятность развития гепатоцеллюлярной карциномы в 2-3 раза.