Считается, что патогенетической основой развития первичной НАЖБП является феномен инсулинорезистентности, для которого характерно снижение чувствительности тканевых рецепторов к эндогенному инсулину, вырабатывающемуся в нормальном или даже повышенном количестве. Важным патогенетическим звеном выступает нарушение метаболизма глюкозы и липидов в жировой ткани, что ведет к усилению липолиза и высвобождения свободных жирных кислот. Последнее обусловливает усугубление печеночной инсулинорезистентности и способствует синтезу и секреции печенью липопротеинов очень низкой плотности. Прослеживается значение мутаций генов, регулирующих процессы окисления жирных кислот, окислительное равновесие в клетке и экспрессию фактора некроза опухолей альфа (TNFa). Изучается роль других медиаторов, источниками которых служат жировая ткань, клетки иммунной системы и гепатоциты: лептина, резистина, адипонектина, интерлейкинов, хемокинов, фетуина А и т.д. Кроме того, достоверно установлено влияние «внешних» факторов риска, таких как гиперкалорийная диета и низкая физическая активность, в том числе в детском и подростковом возрасте.
Если ранее стеатоз и стеатогепатит рассматривались как последовательные стадии патологического процесса в рамках теории «двух ударов», то в настоящее время установлено, что у части больных стеатоз и воспаление прогрессируют одновременно, тогда как у большинства стеатоз не влечет за собой воспаление на протяжении всей жизни. На сегодняшний день наиболее адекватно отражает достижения в патогенезе НАЖБП теория «множественных параллельных ударов».