Принципы противовирусной терапии точно не определены. Чаще всего применяются препараты, используемые в терапии против хронического гепатита C.
По разным данным у 60-75% иммунокомпетентных пациентов (без дефицита иммунитета) инфицированных HGV наблюдалось спонтанное исчезновение вируса и образование специфических антител.
Наличие микст-гепатитов HGV/HCV и HGV/HBV неблагоприятно влияет на прогноз лечения заболевания. При смешанном заболевании HCV и HGV в ряде работ отмечалось более серьезное повреждение желчевыводящего протока, выраженный перивенулярный и перицеллюлярный фиброз.