Гепатит Е относят к антропонозным инфекциям с фекально-оральным механизмом передачи. Для данного заболевания были выделены два основных способа передачи:
1) через питьевую воду, зараженную вирусом в районах с неблагоприятным санитарно- эпидемиологическим режимом. Вспышки инфекции возникают в плотно населенных районах с плохим водоснабжением, обычно в сезон дождей и паводка крупных рек. Вирус с фекалиями попадает в систему водоснабжения и происходит массовое заражение населения. Географически данный тип заражения распространен в Центральной и Южной Азии, Северной и Западной Африке, Центральной Америке. Для этих территорий характерно заражение вирусом гепатита Е 1 и 2 генотипа. Эпидемические подъему гепатита Е повторяются с интервалом в 5-8 лет, реже 1-2 года. Общая продолжительность течения заболевания составляет 2-3 недели, после чего наступает выздоровление. Затяжное течение наблюдается только у 10-15% больных.
2) зооносная передача в не эндемичных регионах. Такой тип передачи распространен в регионах с умеренным климатом и благоприятным санитарными условиями. Заражение происходит через употребление в пищу животных, мясо которых прошло недостаточную термическую обработку в процессе приготовления. Молюски, ракообразные, печень и мясо животных может быть заражено вирусом гепатита Е 3 и 4 генотипа. Именно данный генотип вируса передается от животного к человеку.