В большинстве случаев лечение гепатита Е не вызывает у пациента никаких побочных эффектов. Это связано с тем, что заболевание скоротечно и самоизлечивается. В основном в терапии используют гепатопротекторы и препараты с холекинетическим действием.
Для фульминантных форм гепатита Е могут использоваться препараты, такие как рибавирин и интеферон, которые вызывают гриппоподобные проявления: слабость, раздражительность, тошнота, головная боль, лихорадка, боль в суставах и мышцах. Изменения в показателях крови такие как нейтропения, тромбоцитопения, анемия. У некоторых пациентов, принимающих данные препараты, возможно развитие депрессии. Данные формы гепатита Е лечатся в стационаре при строгом контроле лечащих врачей. Все побочные эффекты от терапии должны регистрироваться в карте больного. Наличие побочных эффектов от лечения не является основанием для отмены терапии.
В случае инфицирования гепатитом Е беременной женщины, назначение любых препаратов должна проводиться совместно с акушером-гинекологом для оценки возможных неблагоприятных последствий на развитие плода.