Терапия АИГ подразумевает использование лекарственных средств, обладающих серьезным перечнем побочных эффектов. В связи с этим, крайне важно строго придерживаться назначенных дозировок, а о всех побочных эффектах сообщать лечащему врачу.
Возможными побочными эффектами применения преднизолона являются: увеличение массы тела, отеки нижних конечностей и области крестца, стероидные акне, стрии на животе, остеопения и остеопороз, гирсутизм, Синдром Кушинга.
При использовании азатиоприна возможны следующие побочные эффекты: угнетение кроветворения (нейтропения, тромбоцитопения), увеличение среднего объема эритроцитов, аллергические реакции, панкреатит, тошнота, диарея, рвота, кожная сыпь, инфекционные осложнения. В экспериментальных исследованиях установлено, что азатиоприн может вызывать злокачественные опухоли, а также пороки развития у новорожденных.