Нелеченый аутоимунный гепатит характеризуется не благоприятным естественным течением: 5-летняя выживаемость составляет 50%, 10-летняя – 10%. Вместе с тем применение современных схем иммуносупрессии позволяет эффективно контролировать течение заболевания: 20-летняя выживаемость больных АИГ на фоне терапии превышает 80%. Проблема осложняется тем, что даже в странах с высокоразвитой медициной у 30% пациентов на момент установления диагноза имеются гистологические признаки цирроза. У некоторых, преимущественно пожилых, пациентов при отсутствии выраженной активности в ряде случаев можно воздержаться от иммуносупрессии без отрицательного влияния на прогноз, однако ввиду отсутствия четких критериев в каждой ситуации вопрос решается индивидуально.